Person的網路日誌

初學一個軟體一定會遇到問題，問到問題除了翻readme、help之外，總是希望可以從網頁上找到答案，現在有Google大神當然是方便很多啦～不過還是有些網站值得記起來，不管是遇到問題的時候去找答案，還是空閒的時候去逛逛都不錯！！

 

第一個當然是R的官方網站囉，上面有很多基本的文件可以看，還可以知道一些R的最新消息(例如是否有新版本出來了)。我喜歡去找最近又有哪些關於R的新書出來了，這樣我就可以推薦學校的圖書館去買

R的官方網站 http://www.r-project.org

R news就是R的新聞報兼期刊 http://cran.r-project.org/doc/Rnews/

R的package清單 http://cran.csie.ntu.edu.tw/web/packages/index.html

R的package清單，以功能性分類 http://cran.csie.ntu.edu.tw/web/views/

檢查R package在windows平台上的適用性列表 http://cran.csie.ntu.edu.tw/bin/windows/contrib/checkSummaryWin.html

最後推薦一下R的mailing list，這個mailing list一定要去加入，可以隨時收到最新的訊息，最重要的是當遇到問題的時候可以上去問問題，不過....前提是英文不能太差...XD

http://www.r-project.org/mail.html

 

第二個是R site search，這個網站可以讓你搜尋R function內的說明還有mailing list上的文章

http://finzi.psych.upenn.edu/search.html

 

再來是繪圖的部分，有些人用R來當作科學繪圖的軟體，但是要怎樣畫出想要的圖呢？有幾個網站提供圖片瀏覽、搜尋的功能，並且有附上詳細的程式碼喔～這樣一來可以直接修改人家寫好的程式碼，加速你的工作效率！！！

R Graph Gallery

http://addictedtor.free.fr/graphiques/

R Graphical Manual 

http://bm2.genes.nig.ac.jp/RGM2/index.php?clear=all

 

還有一些是人家放在網路上的Note，都是前人經驗的精髓啊！！尤其有些不是大學教授不然就是研究員之類的，都很熱心的把他們的心血整理出來放在網路上供大家瀏覽，知識就是要這樣才會不斷的累積壯大啊～～

Resources to Help you Learn and Use SPLUS

http://www.ats.ucla.edu/stat/Splus/library/

efg's Research Notes

http://research.stowers-institute.org/efg/index.html

 

最後要介紹一下一位特別的人

Jonathan M. Lees
Professor, Department of Geological Sciences
University of North Carolina at Chapel Hill
Seismology, Volcanology

為什麼要特別介紹他呢？因為Jonathan教授除了是地震學、火山學的專家外，他還寫了很多關於地震學、地質的R package啊！！而且都超實用的！！

下面這些套件都是Jonathan教授的作品啊～～ 他是我心中的R神！

(強烈推薦地科研究領域的R使用者安裝)

GEOmap Topographic and Geologic Mapping

RSIES Seismic Time Series Analysis Tools

RFOC Graphics for Spherical Distributions and Earthquake Focal Mechanisms

RTOMO Visualization for seismic tomography

R在今天2008-08-25發佈了最新的版本2.7.2，增加了以下功能：

 

1. sprintf() returns elements of the result in UTF-8 when the format or any character input has a corresponding element declared as UTF-8. Similarly for paste(), elements of the
   
   
   
2. result are in UTF-8 when any input to that element is declared as UTF-8.
   
   
   
3. axis() has new arguments 'col.ticks' and 'lwd.ticks' to allow the colour and line width of ticks to be set separately from that of the line (e.g. to set one or the other to transparent
   
   
   
4. or zero width).
   
   
   
5. legend() has a new argument 'box.col' to set the colour of the enclosing box.
   
   
   
6. legend() gains a 'xpd' argument to make it easier to place a legend in the margins or outer margins.
   
   
   
7. stripchart() now passes '...' to title() (as well as to plot.default() and axis()). (Wish of PR#12202)
   
   
   
8. help.search() has new argument 'searchEngine' to go directly to the search form: this is needed by users of Firefox 3 to workaround a bug in interpreting the search results pages.
   
   

 

其他詳情請見： 2.7 SERIES NEWS

Window版本還沒出來，可能要再等等...

R Commander需要Biobase的套件，所以要先安裝BioConductor的套件，依據BioConductor網頁上的說明，在R的命令列輸入下面的指令：
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
R就會自動裝好相關的套件，有夠方便的啦！不過因為BioConductor的網站在國外，所以下載安裝的速度會稍微慢一點，請耐心等待。

R Commander的安裝方式，在R的命令列下輸入：
install.packages("Rcmdr", dependencies=TRUE)
接著選擇CRAN的mirror站(選台灣的就對啦！)，然後一切就交給R自己去處理啦～

套件裝好之後我們就可以來啟動Rcmdr的界面，請在R的命令列下輸入：
library(Rcmdr)
嘿嘿，就可以看到R Commander的GUI跑出來啦！請看下圖

這投影片是我在研究室meeting的時候報告用的，順便分給大家，基本上內容是參考林建甫老師的投影片改的，不過我修改了新的版本安裝圖片以及一些我自己東東。

希望對大家有用～

我最近把一些Data丟到資料庫裡面去了，想說之後可以寫一些網頁介面來查詢資料，但是其實我最常用的軟體R本身就可以支援資料庫連線的功能，但是要安裝一個叫做RMySQL的package，這個package可以從R裡面直接安裝，但是我安裝完之後卻沒辦法載入這個package，會出現類似"unable to load shared library RMySQL" or "無法載入共享函數庫 ...RMySQL.dll ... 找不到指定的模組..."這樣的字眼(sorry, 我沒記下切確的字..:p)，我檢查安裝的目錄下確實有"RMySQL.dll"啊！怎麼會找不到哩....
光是這個問題就卡了我快一天了吧，到處google的結果...原來是這個版本的RMySQL少了一些dll，所以要自己去"http://stat.bell-labs.com/RS-DBI/download/"找到"RMySQL 0.5-7"這個版本下載(最新的是0.6版)，然後把裡面的"libMySQL.dll"跟"libmysql.lib"兩個檔案copy到RMySQL安裝目錄中的"libs"子目錄下，這樣再回到R裡面就可以順利載入RMySQL這個套件啦！！"library(RMySQL)"
然後就可以直接在R裡面下SQL語法抓取MySQL上面的資料啦！！哈哈～真是太開心啦！

RMySQL的預設安裝路徑 "C:\Program Files\R\R-2.6.1\library\RMySQL" ，其中R-2.6.1是指你安裝R的版本，library就是R內定package的安裝路徑，如果你裝很多package的話，這個目錄就會很肥大，向我一口氣就把全部的package都裝起來了，全部也才1.3G，對這個時候500G的硬碟也才三千五來說，1.3G根本不算啥啦！！！

在台北大學統計學系林建甫老師的講義中有提到一個軟體叫做Tinn-R，這個軟體可以提供我們一個R的整合開發環境(for windows only)，有裝過R的人應該都知道windows上面的GUI界面有夠給它陽春的，雖然說有中文的界面(我還是比較習慣英文界面的R)，但是那個撰寫R語法的視窗真是有夠給它簡單的。
要安裝Tinn-R的話首先去Tinn-R的官方網站下載Tinn-R的安裝套件，下載之後直接安裝就可以了，不過有個地方要注意的！！就是R的GUI設定裡面設定「Single or multiple windows」的地方要選SDI，這樣Tinn-R才有辦法直接呼叫R來執行你在Tinn-R上面編寫的程式碼。
要設定R在啟動時使用SDI的方法跟設定英文界面的R其實差不多，就是在原本的啟動捷徑上加上參數
原本的："C:\Program Files\R\R-2.4.1\bin\Rgui.exe"
更改後的： "C:\Program Files\R\R-2.4.1\bin\Rgui.exe" --sdi
如果你要英文界面又要是sdi mode的話，就改成這樣：
"C:\Program Files\R\R-2.4.1\bin\Rgui.exe" LANGUAGE=en --sdi
哈～挺簡單的吧？！
大家一起來用R吧！！免費又強大的統計軟體+程式語言

Tinn-R官方網頁：http://www.sciviews.org/Tinn-R/

update：Tinn-R最新版本1.19.4.1 (2007.12.01)

台北大學統計學系的林建甫老師寫了一本「醫學統計與R」的講義(差不多可稱為書籍了)，並且放在他的網站上可以下載(網址是http://web.ntpu.edu.tw/~cflin/Teach/R/Rproj.htm)，內容寫得非常詳細，從基本的安裝及設定，到R語法的說明與繪圖，而且結合了一些他上課的實例，這是我目前看過寫的最好的一本中文R的講義了！！想要學習R的人可以從這個講義開始。除了講亦之外，還有老師上課的PPT、程式碼(.r)及範例資料可以下載。
感謝林老師的用心～

以前我在安裝R的時候，只會出現英文的GUI界面，不過不知道從那個版本加入了中文界面，而且還沒有給你選擇的餘地，反正你的windows是中文的話，內定值就給你中文選單，看習慣英文的選單再看新的中文選單真的超級不習慣的，之前找來找去都找不到設定的地方，剛剛終於被我找到設定的方法了。 設定R使用英文GUI選單的方法如下： 找到你的R程式捷徑，在上面按右鍵選內容，就會看到下面這個視窗(我目前的R是2.4.1版，現在最新版本是2.5.1)

然後請修改目標的地方
原本應該是 "C:\Program Files\R\R-2.4.1\bin\Rgui.exe"
請改成這樣 "C:\Program Files\R\R-2.4.1\bin\Rgui.exe" LANGUAGE=en
也就是在最後面的雙引號後面再加上 LANGUAGE=en 這個參數，像這樣

加好之後呢請按下確定，嘿嘿...之後你只要點這個捷徑，R就會出現英文的GUI界面啦！ 換言之，如果你想要出現中文的界面，那就把 LANGUAGE=en 去掉就可以啦！你甚至可以同時保留兩個捷徑，這樣想要用哪一個語言的GUI都可以囉～