目前分類:R與S的學習筆記 (28)

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最近看到youtube上面有人教把python開發的程式用Electron打包成桌面的app,就想說不知道R可不可以一樣做,結果就查到這個影片[Shiny meets Electron: Turn your Shiny app into a standalone desktop app in no time],是把R開發的Shiny app打包成獨立的桌面程式,該講者說這樣做的好處是可以省去找IT的人來搞環境,因為如果是大公司,這個可能跑一堆程序,花很多時間跟錢。

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最近看到一個R的套件是可以繪製彩繪陰影圖的,它就叫做rayshader

rayshader01.png

rayshader04.png

rayshader05.png

rayshder01.png

看起來真的很酷,以下就是我測試程式碼,可以參考。

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以下為R的程式碼範例讀取KML檔,最後用leaflet來繪製互動地圖。

成果長這個樣子

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又看到有新的關於地圖的R套件推出了,這次要介紹的是名叫rnaturalearth的套件,這個套件主要就是把Natural Earth網站上的資料給弄到R裡面來用。

套件原始碼放在Github上面,rnaturalearthdata放的是向量資料,rnaturalearthhires放的是高解析度的資料,如果你要畫高解析度的海岸線或者國家邊界,那就會自動幫你裝這個。

https://github.com/ropenscilabs/rnaturalearth

https://github.com/ropenscilabs/rnaturalearthdata

https://github.com/ropenscilabs/rnaturalearthhires

rnaturalearth跟rnaturalearthdata都有在CRAN上面,所以可以直接安裝,rnaturalearthhires就要用devtools::install_github("ropenscilabs/rnaturalearthhires") 來安裝了,因為高解析度的資料會比較肥一點,所以需要稍微久一點的時間來下載,要有一點耐心。

範例使用法如下:

install.packages(c("rnaturalearth", "rnaturalearthdata"))

library(rnaturalearth)
library(sp)

plot(ne_countries(country = 'Taiwan', scale = 'large'))
box()


plot(ne_coastline(scale = "large"), xlim=c(118,124), ylim=c(20,27))
box()

可以分別得到這樣的地圖

rnaturalearth_taiwan_00.png

rnaturalearth_taiwan_01.png

參考資料:
#https://cran.rstudio.com/web/packages/rnaturalearth/vignettes/rnaturalearth.html

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當我在macOS sierra中要安裝R package時(source package),安裝失敗,錯誤訊息顯示如下:

gfortran-4.8: warning: couldn’t understand kern.osversion ’16.0.0

搜尋了一下,解法如下:

1. 安裝XCode Tools

     xcode-select --install

2. 下載並安裝gnu gfortran  http://hpc.sourceforge.net/

     gfortran-6.2-bin.tar.gz 
      sudo tar -xvf gfortran-6.2-bin.tar.gz -C /

3. 設定R使用gfortran

     mkdir ~/.R

     在~/.R目錄內新增Makevars檔,內容為:

          F77 = gfortran
          FLIBS =  -L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15.6.0/6.2.0 -lgfortran -lquadmath -lm

就可以了! 

參考資料:

https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2016-February/011825.html

https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#Customizing-package-compilation

 

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參考資料:http://stackoverflow.com/questions/24097998/google-api-url-shortener-with-r

參考資料中並沒有使用google api key,但是Google似乎會限制使用次數,所以比較好的作法是先去申請Google Api key!

#使用httr這個package
library(httr)
apikey <- "你的google api key"
oriurl <- "http://www.pixnet.net"    #這邊放你想要縮短的原始網址
urldata <- POST(paste("https://www.googleapis.com/urlshortener/v1/url?key=", apikey, sep=""),
                add_headers("Content-Type"="application/json"),
                body=toJSON(list(longUrl = oriurl)))
shorturl <- content(urldata)
print(shorturl[["id"]])

這樣就會得到縮短之後的網址啦!

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步驟 (圖待補)

1. 安裝R

2. 安裝RStudio

3. 安裝rmarkdown、devtools套件

4. 安裝rticles 

devtools::install_github("rstudio/rticles")

5. 安裝MiKTex

http://miktex.org/download

6. 安裝完MikTex之後要更新套件 (MilkTex 2.9 -> Maintenance(Admin) -> Update(Admin)

 

測試

1. 開啟RStudio

2. Tools -> Global options -> Sweave

Weave Rnw file using: Knitr

Typeset LaTex into PDF using: XeLaTex

3. 測試簡體中文pdf編譯

File -> New file -> R Markdown

之後選From Template -> CTeX Documents

這樣就會產生一個簡體中文的樣板文件,直接點工具列上的Knitr PDF,

接著會出現一堆要求安裝MikTex套件的視窗,請耐心點選安裝,

接下來應該救會產生pdf檔案,並且顯示在預設的pdf閱讀軟體中!

4. 測試正體中文pdf編譯

建立一個header.tex的檔案,裡面放以下內容

\usepackage{xeCJK}
\setCJKmainfont{標楷體}

再File -> New file -> R Markdown

這次選Document -> pdf ,會產生一個樣板檔案,在這個檔案中我們要修改一下最前面的部份

---
title: "Untitled"
author: "Person"
date: "Sunday, March 29, 2015"
output:
  pdf_document:
    includes:
    in_header: header.tex
  latex_engine: xelatex
---

然後跟剛剛的header.tex存放於同一路徑中,直接點工具列上的Knitr PDF,

應該又會出現MikTex要求安裝新套件,然後理論上就可以看到中文的pdf啦!

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RStudio最近更新到了0.96.230,也推出了一個新的服務叫做RPubs,這是一個網路服務,可以讓你在RStudio中編寫一種叫做R Markdown的文件,只要按照該特定語法去編寫,就可以透過RStudio直接發佈道RPubs的網站中,把文字說明、程式碼及圖形等等東西直接發表在網路上!這東西真是太神了!!

RPubs_1339083726355

詳情請看RStudio的blog最新文章:Announcing RPubs: A New Web Publishing Service for R

到RPubs的網站可以看到幾個範例。

http://www.rpubs.com/

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簡報檔分享!

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2012.01.05 update


1. 安裝R-2.14.1.exe
http://cran.csie.ntu.edu.tw/bin/windows/base/R-2.14.1-win.exe


2. 安裝Rtools214.exe (要check 修改path的部分)
http://www.murdoch-sutherland.com/Rtools/

安裝Rtools是為了後面要以source的方式安裝RMySQL,一定要選擇對應R的版本來安裝!


3. 安裝MySQL Connector,mysql-connector-c-6.0.2-win32.exe (安裝時選typical)
http://www.mysql.com/get/Downloads/Connector-C/mysql-connector-c-6.0.2-win32.msi/from/http://mysql.ntu.edu.tw/
    (也可安裝MySQL Server,要check "Client header and library files")

為了安裝RMySQL所以需要mysql的library,如果已經安裝mysql server而且有check "Client header and library files",那就不用另外安裝client囉~


4. 建Renviron.site,放在"C:\Program Files\R\R-2.14.1\etc"
   內容加入MYSQL_HOME =  "C:/Program Files/MySQL/MySQL Connector C 6.0.2"
               或者(如果你安裝的是server版) MYSQL_HOME = "C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.0"

這裡是為了讓R知道mysql的library在哪裡,所以要增加這個環境設定檔!

5. 重新啟動R
6. install.packages('RMySQL', type='source')
7. 完成! (如果安裝過程沒有任何錯誤的話,最後會顯示done表示安裝順利完成!)
8. 安裝Rstudio.exe  (RStudio 0.94.110)
http://rstudio.org/download/desktop

Rstudio是一個R的整合開發環境,用Qt開發的,可以跨平台,在windows、MacOS、及Linux上面都可以跑喔!
非常好用!強力推薦安裝使用~~(用了就回不去Tinn-R了...)

DONE !!!!!

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windows版本可以在 http://cran.cs.pu.edu.tw/bin/windows/base/ 下載2.9.2最新版本

Linux版本 http://cran.cs.pu.edu.tw/bin/linux/

Mac版本 http://cran.cs.pu.edu.tw/bin/macosx/

R 2.9.2 的新增功能與bug修正的部分可以在 https://stat.ethz.ch/pipermail/r-announce/2009/000508.html 看到~

BTW, 我現在在Windows Vista 32bit 上使用Tinn-R 2.3.2.3 搭配R 2.8.1 (R的版本應該沒有影響)使用得很愉快~(除了偶而會發生無法從Tinn-R傳送指令到R…XD)

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之前叫做R News現在正式變成期刊啦~ 還有專屬網站喔!趕快來去參觀一下吧!

The R Journal

The R Journal

既然是R的專屬期刊,當然內容都是跟R有關的,涵蓋了:R的新套件介紹(packages)、R程式技巧、R的應用研究、R的版本更新介紹、相關研討會介紹。可以直接從網站下載pdf回來看喔~~

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影片來源:Is There an R in Your Future?

看來應該會有更多的人用R囉~~

 

P.S. 我怎麼覺得這女主播講話的語氣有那麼一點點怪怪的哩???

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Windows的使用者可以在這裡下載 http://cran.cs.pu.edu.tw/bin/windows/base/ ,記得把安裝注意事項看過一遍喔~尤其是Vista的使用者(可見Vista有多不親切XD)

Linux的使用者請到這裡下載2.9.0 http://cran.cs.pu.edu.tw/bin/linux/

Mac的使用者請到這下載2.9.0 http://cran.cs.pu.edu.tw/bin/macosx/

關於R 2.9.0改進的項目在此:http://cran.cs.pu.edu.tw/bin/windows/base/NEWS.R-2.9.0 (落落長一大堆,可以慢慢看)

我應該暫時沒有更新版本的計畫,哈~

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記錄一下用R來畫地圖所需要的package以及簡單的code範例 (這一篇文章將會不定時更新)

STEP1. 首先你需要在R安裝這些套件:
ETOPO
GEOmap
geomapdata
RPMG
RJML
akima
splancs
sp
WORLDMAP2

有些package沒辦法從R的CRAN上面直接安裝,請移駕Jonathan M. Lees 教授的個人網站上去下載:
http://www.unc.edu/~leesj/FETCH/GRAB/RPACKAGES/

下載之後在R gui視窗內選Packages –> Install package(s) from local zip files… 然後選下載好的zip檔,R就會把package給安裝好。

STEP2. 把需要的函式庫跟資料load進來R:
library(GEOmap)
library(WORLDMAP2)
library(ETOPO)
library(RJML)
data(world2)
data(ETOPO2)
因為R實在很”聰明”,它會判斷那些相依的套件,所以我只下library(WORLDMAP2),結果其他必要的package也會自動被load,真是簡單又方便啊~
Loading required package: GEOmap
Loading required package: geomapdata
Loading required package: RPMG
Loading required package: akima
Loading required package: splancs
Loading required package: sp

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如果你直接在windows要安裝R套件RMySQL的話,你可能會遇到找不到「libmySQL.dll」的錯誤訊息,這是因為RMySQL已經不再內含libmySQL.dll了,所以你必須自己安裝windows版的MySQL來取得這個dll檔。

詳細的說明請參考RMySQL的官方網頁 http://biostat.mc.vanderbilt.edu/RMySQL

 

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Tinn-R一直是我拿來寫R程式的好幫手,但是自從換到Vista平台上之後就問題不斷,一直沒有像以前在XP上那麼好用,尤其Tinn-R更新到2.0.0以後,好處沒享受到,問題倒是一堆...XD

update (2009.08.12):新版的Tinn-R 2.3.2.3 已經在Vista上工作良好了...(至少我裝起來是這樣...XD)

最近看到幾篇關於Tinn-R在Windows Vista上安裝設定的文章,似乎把問題釐清了不少,首先是Tinn-R在2.0.0版本以後,需要去修改Rprofile.site這個檔案(應該在R安裝主目錄中的etc子資料夾內),請參照「How to install and configure Tinn-R 2.0.0.7 (XP and Vista)」這篇文章來做設定,但是我在Vista上去修改這個檔案的時候,明明改了,但是卻沒有作用?!似乎是被Vista的安全措施擋下來,所以我的建議是把這個檔案剪到桌面上來,改好之後再貼回去原來的地方,要怎樣確定你的Rprofile.site有無正確修改到哩?請照下面步驟:

1. 執行R

2. 輸入R.home()
    系統會回覆類似"C:\\PROGRA~1\\R\\R-28~1.0"這樣的訊息,這是你安裝R的路徑,下面的步驟會用到這個路徑

3. 輸入readLines("C:\\PROGRA~1\\R\\R-28~1.0/etc/Rprofile.site")
    請注意這個跟你安裝R的路徑有關,這樣R就會去讀etc/Rprofile.site這個檔案,並且把內容印到螢幕上,就可以檢查你改的內容跟R讀到的是否一致,如果不一樣,就是遇到跟我一樣的問題,被Vista擋下來沒改成功,請用剪下貼上那招。

最重要的是要確定下面這幾行有在Rprofile.site裡面

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前幾天在R的mailing list看到有人把這篇名為「Data Analysts Captivated by R’s Power 」的文章貼出來,內容大概就是說R這個開放原始碼軟體的崛起以及對於一些商業軟體的"影響",滿值得看的,另外SAS軟體的mailing list也有人討論到這篇文章,所以可以聽聽正反兩面的意見,挺有趣的~

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之前在教學弟妹使用RTinn-R的時候,就發現Vista跟Tinn-R不是太合,跟華碩的筆電更有問題(會呼叫出無線網路切換程式),但是我一時也找不出解決問題的方法,雖然SourceForge上Tinn-R的討論區有不少相關的討論,也有人提出bug report,但是問題百百種,小技巧一堆,也沒看到終極的解決方法。

現在Tinn-R的最新版本是2.0.0.7 (2008-09-05),最新的R版本是2.8.0 (2008-10-20)。安裝R其實都沒有問題,不管是那個版本的R要安裝到那個版本的windows (XP or Vista)(Vista要把UAC關掉...),都很OK的。

現在因為我拿到了新筆電(ASUS F6V)上面裝的就是Vista,我實在很懶得重灌成XP(要找一堆diver...),所以只好認真面對Vista上安裝Tinn-R的問題。終於在一個下午的奮鬥之後,我得到一個暫時的結論:請不要在Vista上面安裝最新版的Tinn-R 2.0.0.7,請安裝Tinn-R 1.19.4.7就好啦!!!

 

不過,就算是Vista安裝Tinn-R 1.19.4.7,還是沒辦法從Tinn-R直接開啟R GUI界面,必須另外開啟SDI 模式的R,這樣的話從Tinn-R送程式碼到R是沒有問題的啦!

 

Update:

向下面這張圖一樣點選View -> Organize screen (Tinn-R/Rgui)就可以幫你把Tinn-R的視窗跟R的視窗排列好~~

Tinn-R

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統計軟體R於2008.10.20推出最新版本2.8.0,已經可以在各mirror site下載囉!

 

What's New in R 2.8.0

SIGNIFICANT USER-VISIBLE CHANGES
var(), cov(), cor(), sd() etc now by default (when 'use' is not
specified) return NA in many cases where they signalled an
error before.

 

不過......台大的mirror站似乎沒人更新?windows版本的R還停留在2.7.2
請到靜宜大學的mirror站下載吧,網址如下:
http://cran.cs.pu.edu.tw/

R 2.8.0 的詳細更新內容請看
http://cran.cs.pu.edu.tw/src/base/NEWS

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